Sept garçons et filles se retrouvent téléportés dans le monde digital, un espace virtuel dans le réseau des ordinateurs. Leur retour vers notre monde est semé d'embûches et ils doivent se battre pour survivre dans le monde digital.

Trois années ont passé depuis l'aventure de Tai. Soudain, un nouveau virus s'étend dans le monde digital, qui empêche Agumon de se digivolver. Mais arrive Veemon, le nouveau digimon sauveur du monde digital.

La DATS, une unité spéciale d'investigation, recrute Masaru pour protéger le monde des mauvais Digimons. Avec son partenaire Agumon, et les autres membres de l'équipe de DATS, Masaru se bat pour protéger la paix.

Dans cette quatrième saison de Digimon, les jeunes héros humains se transforment en digimons. Quelle est leur mission, quelles aventures les attendent-elles au bout de leur voyage ?